許可を申請する者は、申請に際して所定の許可手数料を支払うことになります。
手数料は、知事許可新規申請が9万円、大臣許可新規申請は15万円、知事・大臣許可とも更新、業種追加が5万円です。それぞれ申請の組合せによって加算されます。許可手数料は申請業種の数に関係なく、申請区分によって定められています。なお、申請が却下された場合、登録免許税は戻りますが、印紙税、証紙代は戻りません。
大臣許可を申請するときは、登録免許税を納入しなければなりません。登録免許税は、許可申請を行う国土交通省地方整備局等に対応する税務署に直接払い込む方法と、日本銀行、日本銀行歳入代理店、または郵便局を通じて管轄税務署あてに納入し、その領収書を許可申請書の別表に貼付する方法の2通りがあります。
知事許可の更新などの場合は、道府県の収入証紙を貼付、あるいは現金納付をします。
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